Los tratamientos empíricos deben evitarse hasta donde sea posible en un esfuerzo para identificar y taxonomizar al parásito patógeno.

El manejo terapéutico de algunos flagelados (como Trypanosoma spp.) o esporozoos (como Plasmodium spp.) es complejo y solo se puede asumir desde la atención primaria en casos seleccionados, sin criterios de gravedad, y por médicos con experiencia previa.

Los medicamentos de primera elección para la mayoría de los nematelmintos son los benzimidazólicos (mebendazol y afines) o la ivermectina.

El medicamento de primera elección para la mayoría de los platelmintos es el praziquantel.

Los antiparasitarios no son fármacos de uso habitual. Se recomienda consultar sus contraindicaciones generales y especialmente su indicación en embarazadas y niños menores de 1 año.

Algunos medicamentos no se comercializan por las vías ordinarias y deben ser importados desde un servicio de farmacia extranjera del hospital de referencia.